化學殺菌法
高溫殺菌法雖然有良好的殺菌效果，但是不適用於不耐熱的物體，如生物性材料、光導纖維、電子器械及許多塑膠產品。低溫氣體殺菌器械以高濃度的高活性氣體（烷化劑如環氧乙烷（ethylene oxide）氧化劑如過氧化氫（hydrogen peroxide）及臭氧（ozone））為主。液體殺菌劑及高效能消毒劑一般包含氧化劑如過氧化氫、過乙酸（CH3COOOH）及醛類如戊二醛及鄰苯二甲醛。

然而即便化學殺菌避免了高溫毀損的問題，消毒人員仍須注意化學殺菌劑與被消毒物是否兼容。製造廠商可在被消毒物包裝上註明殺菌注意事項。化學殺菌劑雖能摧毀大量病原體，但也可能對人體產生禍害。消毒人員有責任確保工作場所的安全，及消毒器械上的監測與控管。